Illumina上机前处理及测序全网最全教程!开发者社区的简单介绍

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在实践中，“Call”可简单理解为变异“检测”，生成的VCF文件仅包含关键信息，与原始Bam文件相比体积显著减小GATK适用于Illumina测序技术的外显子组和全基因组数据，但也可处理不同技术或实验设计的序列数据它最初主要应用于人类遗传学，但已发展到能处理任何生物体的基因组数据，适用于各种倍性水平。

批次效应影响数据可靠性，预处理是数据挖掘中的必要步骤理解illumina测序技术原理，掌握测序流程与细节，是深入分析的基础从数据理解到流程解析，再到思考问题与选择策略，每一步都需精心考量illumina测序技术及其应用，不仅在科研领域，也在医学生物学研究中发挥着重要作用深入理解与掌握，将推动生物。

链特异性测序可以保留最初产生RNA的方向，目前最常用的dUTP 链特异性建库的方法首先利用随机引物合成RNA的一条cDNA链，在合成第二条链的时候用dUTP代替dTTP，加adaptor后通过 尿嘧啶DNA糖基酶 处理，将有U的第二条cDNA降解掉尿嘧啶DNA糖基酶能够催化含尿嘧啶的单链和双链DNA释放游离尿嘧啶，对RNA。

总的说来，第一代测序技术的主要特点是测序读长可达1000bp，准确性高达99999%，但其测序成本高，通量低等方面的缺点，严重影响Illumina上机前处理及测序全网最全教程!开发者社区了其真正大规模的应用因而第一代测序技术并不是最理想的测序方法经过不断的技术开发和改进，以Roche公司的454技术illumina公司的Solexa，Hiseq技术和ABI公司的Solid技术为标记的第二代测序。

在低频突变检测中，对样本交叉污染的控制显得尤为为重要目前illumina测序平台采用的是ExAmp扩增方式，加上多样本混合上机很容易带来标签跳跃index hopping，造成样本间交叉污染建议使用双端index进行文库构建通过双标签识别一个样本，降低样本交叉污染发生率选择合适的高保真酶并调整至合适的PCR扩增。

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